С освящением второго придела храм все еще не принял своего современного облика – все приделы были изолированы друг от друга и имели низкие своды, за перестройку которых прихожане взялись в 1825 году - своды обоих приделов были разобраны, приподняты, сложены заново и в них устроены одноярусные иконостасы. По сути из трех отдельных приделов возник единый трехпрестольный храм. Работы затянулись - престол Грузинской иконы Божией Матери был освящен в 1828 году, а престол святых Захарии и Елисаветы только в 1839 году. В 1898 году по проекту архитектора Ивана Чарушина эти престолы были вновь, уже в третий раз, перестроены (тогда-то и появился над главным объемом храма характерный «чарушинский кокошник») и освящены вятским владыкой Алексием.
Освидетельствование перестроенной церкви строительное отделение поручило архитектору Бухгольцу «...с выяснением правильно ли произведены работы и не может ли быть открыта церковь для совершения богослужений без опасности для молящихся». По акту осмотра, составленному Бухгольцем, значится, что «...вся постройка исполнена вполне правильно и прочно: согласно с утвержденным проектом отступлений нет». Таким храм простоял до 1930-х годов, когда церковь закрыли. Тогда здание лишилось колокольни и восьмериков завершения. И если бы не партийный архив, под хранение которого отвели помещения изуродованного храма, город лишился бы еще одного древнего здания.
Декоративное убранство холодной церкви выдержано в традициях «узорочья», характерного для первого этапа развития каменного зодчества в местном крае. Любовь вятских зодчих к пышности декоративных форм проявилась здесь в полную силу. Богатый кирпичный орнамент, включающий наборы бусин, кокошники, жгуты, розетки, динамичные завитки над оконными проёмами, ряды ширинок, покрывает фасады, образуя причудливые гармонии. Витые колонки с чисто местной интерпретацией коринфских капителей, украшающие алтарь, прихотливые изломы полуглавий и щипцов в завершении фасадов вплелись в затейливую канву узорчатых деталей. Утраченные части памятника восстановлены в 1990-х годах (ведущий архитектор проекта реставрации И. Г. Носков).
В 1904 году в нашем храме служил праведный Иоанн Кронштадтский, оставив добрый след в истории храма, так как при его молитвенной поддержке рядом с храмом была построена каменная двухэтажная церковноприходская школа (где в 1994–2006 годах размещалась Вятская православная гимназия). В 1900 году Государь Император Николай II заболел тифом, во всех епархиях стали совершаться молебны о его здравии. Молились об этом и вятские люди. А когда наконец до Вятки долетела радостная весть о выздоровлении Царя, Вятский Епископ Алексий (Опоцкий) предложил в память выздоровления Государя построить в городе церковноприходскую школу. Об этом было доложено Царю Николаю II, который оставил такое резюме на докладе от 26 января 1901 года: «Прочел с удовольствием».
Организацию строительства школы поручили священнику Вениамину Тихоницкому, будущему Архиепископу Кировскому и Слободскому. Но поначалу пожертвования оказались очень скудными, и тогда отец Вениамин обратился за помощью к отцу Иоанну Кронштадтскому, который прислал в ответ икону Спасителя. После этого вятские купцы сделали несколько богатых пожертвований, и уже через два года школа была открыта. Вполне вероятно, что отец Иоанн Кронштадтский, будучи в Вятке, увидел и новую церковноприходскую школу, к судьбе которой имел прямое отношение.
Хроника возведения храма Иоанна Предтечи:
1711 – в конце Ильинской и Воскресенской улиц г.Хлынова построена и освящена деревянная церковь во имя Святого Иоанна Предтечи
1719 – построен и освящен каменный однопрестольный Предтеченский храм
1729 – освящен придел во имя Грузинской иконы Божией Матери
1735 – при храме построена и освящена каменная колокольня
1781 – предпринята перестройка купола храма, который украсили два световых восьмерика
1793 – освящен второй придел во имя святого пророка Захарии и праведной Елизаветы
1825 – началась перестройка престолов храма, соединившая их в единый храм
1898 – третья перестройка храма по проекту архитектора Ивана Чарушина
1903 – при храме построено и освящено здание приходской школы
1935 – храм был закрыт, в разные годы в нем располагались архив и планетарий